W Agonii dźwięków mamy do czynienia z zabiegiem polegającym na odwróceniu chronologii wydarzeń. Finał historii poznajemy już na samym początku, a fabuła koncentruje się wokół tego, co sprawiło, że doszło do procesu sądowego głównego bohatera. Czytelnik przygląda się toczącej się rozprawie, która też rekonstruuje wydarzenia będące jej bezpośrednim powodem. Fabuła przez długi czas rozwija się nie dając nawet odpowiedzi na podstawowe pytanie – jakie są zarzuty wobec duchownego zasiadającego na ławie oskarżonych.
Brat Junoy (jego imienia narrator nie zdradza) jest zakonnikiem. Franciszkaninem, którego namiętnością jest muzyka. Sam z wielką pasją oddaje się grze na organach. Jego poświęcenie muzyce jest jednakże nie w smak przełożonym zakonu. Według przeora, kapłan poświęca za jej dużo czasu, co ma go rozpraszać i oddalać od Boga. Z tego też powodu, aby nakierować bohatera na ścieżkę wiary, z której jakoby zboczył, przełożony nakazuje bohaterowi udać się do klasztoru La Rapita, który zamieszkują siostry klauzurowe, wiodące krańcowo ubogi tryb życia. Ma tam sprawować sakramenty, ze szczególnym uwzględnieniem Spowiedzi oraz Eucharystii. Zwierzchniczką klasztoru jest niejaka matka Dorotea, niespełniona poetka, mocno skrytykowana jeszcze w czasie swojego świeckiego życia. Wydaje się, że oboje – jako wrażliwe artystycznie dusze – znajdą wspólny język i będą potrafili się porozumieć; jednakże okazuje się wkrótce, że zraniona duma zakonnicy wpłynęła na jej dalsze życie, nakazując jej dążyć do doskonałości we wszystkim co robi. Jej obsesja znalazła odzwierciedlenie w surowej regule zakonu, którą będzie egzekwowała od podwładnych zakonnic z bezwzględną nieustępliwością.
A zasady są istotnie srogie, o czym można się przekonać, gdyż oprócz tego, że każdy rozdział jest poprzedzony cytatem z Biblii, to przywołuje też wyjątki z reguły klasztornej spisanej przez matkę przełożoną. Spis nakazów i zakazów – czy raczej ich przestrzeganie – ma na celu ułatwienie zakonnicom osiągnięcia doskonałego życia duchowego. Zarządzenia te wiele mówią też o charakterze konwentu oraz samej matki przełożonej. Choć też należy pamiętać o tym, że klasztor od lat (jeśli nie od wieków) wierny jest swojej nadrzędnej regule mówiącej, że drogą do Boga jest szczera pokuta.
Junoy po przybyciu do klasztoru, pozbawiony przyjemności z obcowania z muzyką i wtłoczony w dosyć monotonny tryb dnia i posługi popadł w apatię, którą przerwało pojawienie się w monasterze dwóch nowicjuszek. Młode siostry tak samo nie potrafią poddać się surowej klauzurze; wyobcowane, przytłoczone surowymi zasadami, szukają wsparcia u siebie nawzajem. Ich spowiednik wspiera ich w trudnych chwilach, niejednokrotnie występując przeciw regule zakonu. Kapłan po trochu z powodu zgoła innych wyobrażeń o sensie pokuty i wiary, niż wykazuje matka Dorotea, a po trochu powodowany frustracją odcięciem od świata muzyki (skierowanie do klasztoru, w którym panuje klauzula milczenia, bohater może traktować wręcz jako zesłanie) rozbudza drzemiące w murach klasztoru demony. Bardzo szybko staje się jasne, że między Junoy i Doroteą rozegra się najważniejszy dla fabuły konflikt. Choć oboje mają ze sobą wiele wspólnego (wrażliwość artystyczna, podświadome dążenie do ideału) i hołdują skromności oraz wierności wierze jako nadrzędnym wartościom, to mają zgoła inny punkt widzenia na to samo zjawisko. A oboje są całkowicie pewni swoich racji.
Agonia dźwięków byłaby nie tylko powieścią obyczajową, ale też quasi-traktatem religijnym. Nie traktuje jednak o wierze ale o religii. O pierwiastku ludzkim w wierze, a szczególnie o znaczeniu cierpienia, pokory i pokuty jako elementu życia religijnego. Pokuta i jej rola dla życia w wierze pozostaje tutaj w centrum rozważań sporów protagonistów. I na tle właśnie tych różnic w rozumieniu prawd wiary rozgrywa się dramat będący ośrodkiem fabuły. Akcja Agonii dźwięku nie rozwija się zbyt szybko; brak w niej nagłych zwrotów, skomplikowanej intrygi. Jest tylko człowiek i jego dusza, myśli, wiara. A nade wszystko namiętności, którym daje się ponieść, choć powinien pozostać wobec nich obojętny. Absolut, choć nazywany i przyzywany, pozostaje nieobecny. W tej powieści ważniejszy dla autora jest człowiek i jego relacja wobec Boga, niż sam Bóg i wiara. Istotne tutaj jest to, jak człowiek przyjmuje wiarę i jak jej „używa”. Matka Dorotea tak bardzo chce oderwać się od ziemskiego istnienia i dotknąć Absolutu, że stwarza miejsce wręcz nieludzkie; dążąc do Ideału, staje się dręczycielem. Cabré każe nazwać jednej z młodych zakonnic klasztor mianem „piekielnego czyśćca” – cóż za wspaniała gra słów i znaczeń! Kataloński pisarz już udowodnił, że doskonale włada słowem; a w Agonii dźwięku czytelnik może obserwować, jak rozwijał się jego warsztat; wszak chronologicznie powieść należy umiejscowić przed wydanymi dotychczas w Polsce powieściami: Jaśnie pan, Cień eunucha, Głosy Panamo oraz Wyznaję.
Powieść może przypominać nieco Imię róży Umberto Eco, którego akcja również jest umiejscowiona w klasztorze. Natomiast atmosferą i tematyką może przywodzić na myśl Diabły z Loudin Aldousa Huxleya. Na pewno ciekawym zabiegiem było przyjęcie formy procesu sądowego; co pozwala na bezpośrednią konfrontację bohaterów. Choć prawdą jest, że sympatia autora najwyraźniej pozostaje tyko przy jednej ze stron.